Сегодня Центр состоит из Совета, Исполнительной
дирекции и Программ.
Основной орган управления Центра — Совет,
в него входят ведущие российские эксперты по вопросам охраны природы,
руководители известных природоохранных неправительственных организаций
(НПО). Совет участвует в формировании стратегии развития организации,
утверждает приоритетные направления деятельности Центра.
Исполнительная дирекция руководит текущей работой ЦОДП, планирует основные
направления деятельности, разрабатывает долгосрочные программы, уставные
документы.
Постоянный штат Центра насчитывает около 15 сотрудников, и около 50 человек
принимают участие в его работе как добровольцы или частично оплачиваемые
сотрудники. В ЦОДП работают биологи, экологи, географы, почвоведы, архитекторы
и др.
Филиал-партнеры Центра: в Мурманской области (г. Апатиты) — Кольский
Центр охраны дикой природы, на Украине — Киевский
эколого-культурный центр.