Особо охраняемая территория определяется в Конвенции по биологическому разнообразию как «географически выделенный участок со статусом регулирования или управления для достижения специальных природоохранных целей».

Особо охраняемыми территориями (акваториями) могут быть морские резерваты, предназначенные для охраны биоразнообразия при возможности использования в других, не противоречащих охране биоразнообразия, целях, или же участки, на которых ограничена или запрещена конкретная деятельность (например, рыболовство или судоходство), поскольку считается, что экосистема особенно уязвима именно к этим видам хозяйственной деятельности. Действия зависят от того, что рассматривается как основная угроза биоразнообразию, и что будет поддержано обществом или же общество будет готово с этим мириться – эти два критерия могут входить друг с другом в конфликт.

В районах многоцелевого использования эксплуатация ресурсов в пределах резервата может быть разрешена, однако, при этом необходимо, чтобы она была ограничена в отношении объектов, сроков или масштабов. Многоцелевые резерваты лучше создавать крупными, но такими, чтобы их размер не входил в противоречия с возможностью охраны. Даже в тех редких случаях, когда охрана всей территории или акватории может быть обеспечена, как в национальных или природных парках, влияние посетителей должно быть сведено к минимуму, иначе цели охраны не будут достигнуты. Морские особо охраняемые территории или акватории многоцелевого использования часто рассматриваются как модельные объекты для отработки эффективных, комплексных и адаптивных программ управления.

Для эффективной деятельности многоцелевого заповедника он должен быть большим, но охрана больших пространств затруднительна. Чтобы такие меры были эффективными, учредители такого заповедника должны быть убеждены в его необходимости и иметь достаточные ресурсы для его охраны. Поэтому важным аспектом деятельности такого заповедника должно быть экологическое просвещение общества.

Выделение морских участков, в пределах которых рыболовство полностью или частично запрещено, пока практикуется крайне редко: они выделяются для охраны важных нерестилищ или для создания убежищ для интенсивно промышляемых в прилегающих водах видов. Здесь имеют возможность восстановить свою численность и достич половозрелости, что способствует увеличению вылова в прилегающих районах и сохраняет стадо промыслового вида.

Несмотря на популярность создания охраняемых природных территорий и акваторий среди национальных и международных экологических кругов, такие участки не всегда выделяются, используются и охраняются таким образом, чтобы извлекать из их экосистемы максимальную экономическую выгоду. Например, охраняемые участки обычно определяют по очертаниям береговой линии или границам, государственнным и административным, реже для этого используется топография дна, и лишь в редких случаях – особенности циркуляции водных масс. Однако именно особенности циркуляции воды являются, очевидно, самым важным фактором для пелагических сообществ и также критически важны для жизни бентоса.

Можно перечислить десять основных рекомендаций применительно к созданию или реорганизации особо охраняемых природных территорий или акваторий, в которых приоритет отдается биоразнообразию:

1. Число территорий (акваторий).
   Большее число участков обеспечивает лучшую представленность в них экосистем страны, и надежнее обеспечивает защиту видов от болезней, природных и техногенных катастроф.
2. Размеры.
   В идеальном случае каждая территория (акватория) должна быть настолько велика, насколько это необходимо, чтобы включить в себя всю заслуживающую охраны биоту вместе с соответствующими средами обитания и характеристиками, определяющими эту экосистему.
3. Взаимосвязи.
   Существующий ландшафт или акватория должны позволять организмам перемещаться с места на место в зависимости от их суточного цикла, погодных и сезонных колебаний, изменения климата и других пространственно-временных факторов.
4. Зонирование.
   Внутри охраняемой природной территории нередко требуется выделение отдельных зон, региональное управление, использование и охрана которых могут сильно различаться друг от друга.
5. Расположение на местности сооружений и объектов инфраструктуры.
   Объекты инфраструктуры также могут влиять на биоразнообразие, поэтому даже те немногие сооружения, которые необходимы для функционирования особо охраняемой природной территории или акватории, необходимо располагать на местности с учетом общей экологической обстановки и на основе картирования и анализа всей информации.
6. Научные исследования и мониторинг.
   Управление может быть эффективным только в той степени, в какой оно опирается на информацию и знания.
7. Программа управления биологическими ресурсами.
   План управления биологическими ресурсами должен разрабатываться с использованием широкого набора методик охраны биоразнообразия на основе результатов научных исследований и мониторинга.
8. Образовательные программы.
   Особоохраняемые природные территории и акватории являются отличными местами для повышения уровня знаний людей о природе и об отношениях между природой и человеком.
9. Использование программ управления.
   Все категории управления, установленные МСОП (JUCN), подразумевают один или более типов хозяйственного использования, прямого или непрямого. Охрана биоразнообразия может осуществляться на генетическом, видовом, ландшафтном или экосистемном уровнях, что определяется режимами управления территории или отдельных ее зон.
10. Программы биорегионального управления.
    Управление особо охраняемой природной территорией (акваторией), главной целью создания которой является сохранение биоразнообразия, будет успешным только в той мере, в какой будет достигнуто сотрудничество между государственными структурами, общественными организациями, местным населением и бизнесом. Соглашения между всеми этими сторонами должны обеспечивать соответствие управления биологическими ресурсами и экосистемами на прилегающих территориях целям управления охраняемыми природными территориями или акваториями.